Владыка Иосиф (Чернов) был назначен на Алма-Атинскую и Казахстанскую кафедру в сентябре 1960 года, где к этому времени сплёлся тугой клубок внутриепархиальных нестроений. Они начались в 1955 году после смерти митрополита Алма-Атинского и Казахстанского Николая (Могилевского), правившего епархией с 1944 года и ныне прославленного Церковью в лике святых.
С 1957 по 1960 год Алма-Атинская кафедра трижды отказывала в повиновении епископам, назначаемым Патриархом. В Никольском кафедральном соборе дело доходило до рукоприкладства в отношении священнослужителей. Дух мира покинул собор, в котором должна была совершаться Жертва Мирная.
Ситуация в епархии была настолько тревожной, что в 1958 году временно управляющий епархией епископ Ермоген (Голубев), который в 1953-1960 годы был Ташкентским и Среднеазиатским архиереем, ставил перед Патриархией вопрос о расформировании Казахстанской кафедры и передаче Алма-Аты в викариатство Ташкента. Ещё одним обстоятельством, требующим своего объяснения, было образование в 1957 году самостоятельной Петропавловской епархии, вобравшей в себя Караганду и приходы северных областей Казахстана. Сам факт образования новой епархии в те годы вызывал недоумение и противодействие многих.
Тяжёлое положение Алма-Атинской епархии усугублялось враждебной политикой властей, давших старт новым гонениям на Церковь в постановлении ЦК КПСС от 13 января 1960 года «О мерах по ликвидации нарушений духовенством советского законодательства о культах». Вскоре секретным постановлением Совмина СССР от 16 марта 1961 года «Об усилении контроля за деятельностью Церкви» были отменены все законодательные акты, принятые в пользу Церкви в годы Второй мировой войны и первое послевоенное пятилетие. По всему Советскому Союзу железным катком покатился новый этап жёстких гонений с массовым закрытием храмов и грубейшими нарушениями прав верующих.
В то же время в связи с ухудшением международных отношений и эскалацией гонки вооружений Церковь была призвана, а фактически вынуждена государством, добровольно жертвовать колоссальные средства в Фонд мира. Вместе с этим был ужесточён контроль финансовых органов за расходованием епархиальных средств. Доходы епархиальной свечной мастерской, а также личные доходы священнослужителей стали облагать многократно повышенным налогом.
Всё это новоназначенный Алма-Атинский владыка внешне воспринимал ровно и спокойно. Его главной задачей в этот период стало преодоление внутриприходских конфликтов, замещение вакантных священнических мест и проповедническая деятельность. Проповеди владыки носили преимущественно миротворческий характер в духе Евангелия и сопровождались призывами к пастве деятельно участвовать в борьбе за мир.
В современной историографии, особенно диссидентской, утвердилось мнение, что только тот епископ, который находится в постоянном конфликте с советской властью, является исповедником. Епископ же, с властью сотрудничающий, был ренегатом, отступником от чистоты веры. То, что такое однозначное определение не может быть верным, доказывается непостижимостью промысла Божиего, ибо пути Господни - неисповедимы. Время всё расставляет на свои места и далеко не сразу показывает плоды и итоги деятельности того или иного служителя.
Владыка Иосиф пытался вести мирный диалог с воюющими против Церкви властями, которые сами «не ведают, что творят», и сохранял мирным своё молящееся за народ святительское сердце. Оно не принимало сторону ни одной из воюющих партий ни внутри Церкви, ни вне ее. Он - сын Церкви и сын Родины, молитвенно плачущий за нее Богу, радеющий о её спасении. Он был мирен со всеми, лишь по недоразумению ненавидящими мир (Пс. 119, 7), он всем желал спасения, он искренне любил всех Христовой любовью. Вокруг бушевали волны несправедливости, обиды и злопамятство раскачивали приходские общины. Однако высший смысл Церкви есть безоговорочное сохранение мира, ибо без мира нет любви, а значит, нет и службы Божией, ибо Бог есть любовь. Молитва не может жить в немирном сердце. Господь нам заповедовал не воевать за торжество понимаемой нами истины, а непрестанно молиться о мире всего мира.
В то же время, кроме безусловного требования сохранения внутрицерковного мира, необходимо было и совершенное полное послушание властям - как церковным, так и гражданским. Ни то, ни другое не было нормой в те годы. Повсеместно вспыхивающие внутриприходские конфликты упраздняли силу божественной Евхаристии, а волны вражды и ненависти заливали светильники, призванные светить миру. От архиерея требовались великая любовь, жертвенность и мудрость, чтобы хранить алтари Божии и совершать литургию в мире и единомыслии, истине и любви. А в случае потери мира общиной, когда дело к удовольствию властей могло доходить до закрытия храмов, неимоверными усилиями и искусством дипломатии, любовью, снисхождением и терпением в непрестанной молитве, подкрепляемой Духом Святым, этот утраченный мир возвращать и водворять в общины, сохраняя их от ликвидации. И владыке Иосифу не только удалось остановить дальнейшее закрытие приходов епархии, но и вернуть уже закрытые.
Начало 1960-х - это период многочисленных приходских конфликтов, возникавших после удаления духовенства от управления хозяйственной деятельностью и приходами, а также лишения священников прав формирования приходских активов, так называемых двадцаток. Тогда же обострились отношения СССР со своими вчерашними союзниками во Второй мировой войне. Угроза ядерной войны, как некоего варианта конца света, в то время переживалась очень остро. Ещё была свежа память об ужасах недавней войны у всех соотечественников - как верующих, так и неверующих.
Церковь, получившая в послевоенное время аккредитацию власти во в внешнеполитической деятельности, призывалась ею к стоянию за мир, к свидетельству о том, что государство трудящихся проводит миролюбивую политику на мировой арене, и что Церковь всемерно поддерживает её. Про то, что это миролюбивое государство воюет со своей Церковью, власти умалчивали и пытались оправдать тем, что они ведут борьбу лишь с невежеством и обманом церковников, уводящих легковерных трудящихся от счастливой социалистической действительности, от строительства справедливого устройства общества.
В то время главной задачей епископа было сохранение приходов от их закрытия властями. Решающим фактором в этом помимо проповедей в защиту мира, была добровольная передача государству огромных денежных средств Церкви. Бедствующая Церковь ежегодно передавала тиранящему её государству огромные суммы, причём эти отчисления должны были ежегодно возрастать и свидетельствовать о неустанной борьбе Церкви за мир, подобно тому, как она в патриотическом порыве собирала всё больше и больше пожертвований верующих во время войны на нужды фронта. Двусмысленность такой политики исчезает, если уподобить епископа кормчему. Всецело отвечающий за корабль и всех на нём находящихся во время шторма, угрожающего жизнеспособности судна, капитан наделяется исключительными полномочиями по руководству судном и командой. Ради спасения всех одному человеку доверяется распоряжаться жизнью и имуществом остальных. Он имеет право не только отправлять за борт сопротивляющихся его приказаниям, но и отдавать приказы команде выбрасывать в бушующее море груз, рубить мачты и рвать паруса для облегчения судна и сохранения его плавучести. С этой точки зрения однозначно положительно может оцениваться опыт управления церковным кораблем доброго кормчего - архиепископа Иосифа и, конечно же, мудрейшего адмирала церковной эскадры - Святейшего Патриарха Алексия I.
Если вдуматься в простые вроде бы слова, сказанные владыкой Иосифом о мире, в них можно услышать, при всей избитости этой темы в советские годы «борьбы за мир во всем мире», богословское евангельское прочтение в отличие от пустой коммунистической мечтательности. Приведём цитату: «Мир - это не просто граница между враждой и добрыми отношениями. Мир - это прекращение всякого зла. Мир - это всеобщая радость благоденствия. Мир - это нерушимый созидательный труд для процветания родины и благополучия каждой семьи и всякого отдельного человека. Мир - это возможность детям учиться и стать достойными продолжателями дел отцов. Мир - это не только прекращение войны, вражды, но и начало добрых взаимоотношений, заключение взаимовыгодных договоров и соглашений. Мир нельзя соединить с враждой, мир нельзя отделить от любви. Исходя из такого значения мира, выходит, что мир, когда он существует, надо беречь и хранить, когда же его нет - надо его искать и употреблять все силы, чтобы его восстановить… Мы, христиане, ежедневно молимся о мире во всём мире. И всё миролюбивое прогрессивное человечество стоит на страже мира. Мы одобряем и полностью поддерживаем миролюбивую программу и практическую деятельность нашего отечества за мир и безопасность народов всех континентов. Свою солидарность выражаем в посильных добровольных взносах в Фонд мира».
В диалоге с властями владыка Иосиф с самого начала избрал позицию наибольшей открытости. Его главное оружие - благоволение; «яко оружием благоволение венчал еси нас» (Пс. 5, 13). Опыт многолетнего заточения в советских лагерях по совершенно абсурдным обвинениям дал владыке Иосифу подлинное представление о советской власти, как антихристианской и сатанинской, и поэтому его борьба была не с плотью и кровью, не с уполномоченным по делам РПЦ С.Р. Вохмениным и его областными подчиненными, а с «миродержителями тьмы злобы поднебесной» (Еф. 6, 10-12).
Более чем на 20 лет лишённый возможности в лагерях священнодействовать, владыка Иосиф главным в своей архиерейской деятельности ставил неукоснительное совершение Божественной литургии и естественно требовал этого от духовенства. Главное содержание архиерейского служения он видел не в искусстве администрирования, но в молитве о мире всего мира. В его проповедях, а владыка проповедовал за каждым богослужением, главной темой всегда звучала тема мира. В период эскалации гонки вооружений, обострения холодной войны и активизации РПЦ на поле миротворческой деятельности эта проповедь была созвучна внешней политике СССР. Однако при внешнем сходстве проповедь владыки значительно расширяла границы темы, заставляя её звучать в подлинно евангельском прочтении.
Ограниченная, изгнанная из школ, безответно шельмуемая прессой, лишенная права заниматься миссионерством и благотворительностью, вынужденная платить дань в Фонд мира, Церковь всё переживала ради сохранения освящающего действия Божественной литургии и всего богослужебного круга. Она совершала своё главное служение - молитву своему Подвигоположнику Господу Иисусу Христу о мире всего мира.
В первые послереволюционные годы была опасность, что Патриаршая Церковь останется совершенно без храмов и произойдёт подмена Истины обновленчеством. В послевоенные годы опасность обновленчества исходила уже изнутри Патриаршей Церкви. Решая вопрос об упразднении покровительствуемого властью в первые послереволюционные годы обновленчества, советское правительство вынудило Патриарха и Священный Синод принять через покаяние всю видную обновленческую иерархию. Епископат послевоенной Церкви пополнился большим числом иерархов, ещё не так давно враждебно мыслящих и действующих против Церкви.
После своего назначения на Алма-Атинскую кафедру архиепископ Иосиф в течение трёх лет ежедневно совершал Божественную литургию. Чтобы не смущать такой активностью уполномоченного, в будние дни он служил в домашней церкви архиерейской резиденции на улице Минина. Такое напряжённое и жертвенное служение в конечном счёте явилось той силой, благодаря которой епархия была приведена к должному послушанию и своему архиерею, и патриарху. Сам Святейший Патриарх Алексий I, разрешая недоразумения относительно новых своих указаний в 1959 году, писал архиепископу Луке (Войно-Ясенецкому): «Вся сила нашей энергии должна быть направлена на надлежащую постановку богослужения, на разъяснение святого Евангелия и богослужебного чина, на создание должного благоговейного настроения верующих».
Переживая после кровавого очищения период духовного возрождения, мы можем говорить о победе Церкви в борьбе за веру и истину Христову. Несмотря на самые лютые гонения всё-таки совершалась непрерывная христианизация советского общества, атеистического в своём большинстве, пока, наконец, после юбилейного 1988 года, не обнаружилась в людях, с детства воспитываемых в безбожии, непреодолимая тяга переступить порог своей, чудом выстоявшей Церкви.
