История православного богословского образования в Казахстане началась во второй половине XIX, в 1871 году, когда в Туркестан назначается первый архипастырь – епископ Софония (Сокольский). Далее свет духовного просвещения в эти края несли епископ Александр (Кульчицкий), епископ Неофит (Неводчиков), епископ Григорий (Полетаев). Большой вклад в те времена в богословское образование внесли и священники, прибывавшие сюда из Томской, Оренбургской, Уфимской, Новгородской, Казанской, Воронежской и Волынской епархий.
К началу XX века в Центрально-Азиатском регионе проживала 391 тысяча православных христиан и действовало 306 храмов. Поэтому уже в 1897 году епископ Туркестанский и Ташкентский Никон (Богоявленский) обратился к Святейшему Правительствующему Синоду с ходатайством об открытии в Туркестанской епархии духовной семинарии. Причем семинарии с особой программой, включающей изучение языков населяющих край народов. Однако отсутствие денежных средств и преподавательского состава не дало сбыться этим планам
Выдающийся иерарх Русской Церкви епископ Димитрием (Абашидзе), возглавлявший епархию в 1906-1912 годы, также активно занимался вопросом об открытии духовной школы. Создание семинарии он рассматривал одним из важнейших вопросов деятельности епархии. Епархии нужны были люди, хорошо знакомые с местными обычаями и традициями и хорошо знающие местные языки. Таких пастырей могла подготовить только местная духовная школа. Такие священнослужители дали бы положительный эффект в деле развития церковной жизни и укрепления Православия в Туркестане.
5 августа 1910 года Синод изучил доклады, отправленные ему духовенством Туркестана по поводу открытия семинарии, и признал это «весьма желательным». «В названной семинарии в числе обязательных предметов должны изучаться узбекский и киргизский языки, а также география и история Туркестана и этнографии населяющих его племен, история магометанства, и в числе обязательных предметов – арабский язык».
Однако в 1912 году епископ Димитрий был переведен на Симферопольскую кафедру, а разразившиеся катастрофические события XX столетия надолго отложили вопрос об открытии духовной школы в городе Верном. Таким образом, идея создание духовной школы в Туркестанском крае осталась нереализованной.
Новейший период истории православного богословского образования в Казахстане начался в 1991 году, когда на политической карте появилось молодое суверенное государство – Республика Казахстан. У истоков становления православного духовного образования в Республике стоял архиепископ Алматинский и Семипалатинский Алексий (Кутепов). В ответ на ходатайство управляющего Алматинской епархией решением Священного Синода от 29 января 1991 года в Алматы было открыто епархиальное духовное училище. Архиепископ Алексий стремился укоренить в создаваемом им учебном заведении благочестивые традиции Московских духовных школ.
Новообразованное духовное училище призвано было стать кузницей кадров для всего церковного Казахстана. Первоначально классы и студенческое общежитие располагались при Свято-Никольском кафедральном соборе, обучение предполагало двухгодичный период. С момента открытия и до 1998 года ректором училища являлся кандидат богословия, настоятель Свято-Никольского собора протоиерей Валерий Захаров.
Важным событием в жизни молодой духовной школы стала передача епархии в 1996 году городскими властями здания, расположенного в микрорайоне Дорожник, куда и переехало учебное заведение. В августе того же года домовой храм училища был освящен во имя святителя Филарета, митрополита Московского и Коломенского. Богомудрый святитель XIX века с этого момента стал небесным покровителем духовной школы в Алматы.
Духовная школа постепенно развивалась: появлялись новые преподаватели, росло число изучаемых дисциплин, увеличивалось количество студентов. 17 июля 2001 года определением Священного Синода срок обучения в Алматинском епархиальном училище был увеличен до четырех лет.
С 2003 по 2010 годы ректором училища являлся митрополит Астанайский и Алма-Атинский Мефодий (Немцов) (ныне – митрополит Пермский и Кунгурский). 26 июля 2010 года решением Священного Синода образован Митрополичий Округ Русской Православной Церкви в Казахстане – Православная Церковь Казахстана.
С 2010 года определением Священного Синода Русской Православной Церкви Главой Митрополичьего округа в Казахстане является митрополит Астанайский и Казахстанский Александр. Этот год стал знаковым и для православного образования на Казахстанской Земле – 26 июля Алматинское епархиальное училище было преобразовано в Алматинскую православную духовную семинарию. Митрополичий округ Русской Православной Церкви в Республики Казахстан обрел свое высшее богословское учебное заведение.
Первым ректором новообразованной семинарии стал выпускник Санкт-Петербургской духовной академии, кандидат богословия, епископ Каскеленский Геннадий, викарий Астанайской епархии. В сентябре 2010 года состоялись первые вступительные экзамены. На первый курс очного и заочного отделений было принято 38 студентов из всех епархий Казахстана.
1 сентября 2016 года министр образования и науки Казахстана Е.К. Сагадиев в ходе встречи с митрополитом Астанайским и Казахстанским Александром и ректором семинарии епископом Каскеленским Геннадием вручил Алматинской православной духовной семинарии Лицензию на право осуществления образовательной деятельности в соответствии с законодательством Республики Казахстан. Получение лицензии – это первый и значимый шаг в деле синхронизации православного богословского образования с высшей школой Казахстана. Теперь православное учебное заведение Алматы является частью образовательной системы Республики Казахстан.
29 декабря 2022 года исполняющим обязанности ректора семинарии назначен руководитель информационно-издательского отдела Митрополичьего округа протоиерей Евгений Иванов. 25 февраля 2023 года митрополит Астанайский и Казахстанский Александр совершил освящение новых корпусов Алма-Атинской православной духовной семинарии. Новое здание семинарии расположено рядом с культурно-просветительским и административным центром Православной Церкви Казахстана имени митрополита Иосифа (Чернова) и Иверско-Серафимовским монастырем
В июне 2023 года было принято решение о реорганизации деятельности регентского отделения и переходе на 3-годичную форму обучения. Также была открыта программа подготовки приходских катехизаторов. Прохождение курса предполагает углубленное трехгодичное изучение Священного Писания и основных богословских дисциплин. Выпускники катехизаторского отделения смогут нести в храмах Казахстанского Митрополичьего округа просветительскую и педагогическую работу, становясь приходскими консультантами, преподавателями церковно-приходских школ, молодежными работниками
В семинарии созданы библейско-богословская, церковно-историческая и церковно-практическая кафедры. В этом году появились новые дисциплины, такие как «Психология», «SMM-технологии», «Журналистика», «Юриспруденция», «Экономика».
Сегодня Алматинская семинария – сложившееся высшее духовное учебное заведение, готовящее клириков, регентов, псаломщиков и катехизаторов для казахстанских приходов. Срок обучения в семинарии на пастырском отделении составляет 5 лет (подготовительный курс + 4 года основной курс), на регентском и катехизаторском отделениях – 3 года. В течении всего периода обучения студенты осваивают основной корпус богословских наук, включающий вероучительные дисциплины, богословие, библеистику, церковную историю, древние и новые языки. В семинарии созданы библейско-богословская, церковно-историческая и церковно-практическая кафедры.
Выпускники семинарии пишут и защищают дипломные работы и получают квалификацию специалиста в области православного богословия. Успешно окончившие семинарию поступают в магистратуру духовных академий Русской Православной Церкви.